Озеро Джангысколь (Ештыкель) находится в 15 километрах западнее сел Курай и Кызыл-Таш в долине реки Чуя в Кош-Агачском районе Республики Алтай между Северо-Чуйским и Курайским хребтами.

Озеро Джангысколь находится у северо-восточного подножия массива Биш-Иирду в восточной части урочища Ештыкель (Ештыккель), поэтому часто можно услышать другое его название - озеро Ештыкель. Урочище Ештыкель представляет собой небольшое горное плато, расположенное на высоте 1750 метров над уровнем моря. От Курайской степи Ештыкель отделяет небольшой перевал. От русла Чуи озерная долина также отделена горами с небольшими относительными высотами.

Название Ештыкель происходит от алтайских слов "jан'ыс" ("одинокий") и "кӧл" (озеро). Действительно, озеро Джангысколь, пожалуй, единственное крупное озеро в системе болот среди высокогорной тундры, представляющей урочище Ештыкель. Местность вокруг озера сильно заболочена, на хорошо подготовленном автомобиле к берегу можно подъехать лишь с северной стороны.

Озеро имеет форму неправильного вытянутого с севера на юг треугольника, более широкого в северной части. Максимальные размеры озера составляют 1300-1400 метров в длину и до 800 метров в ширину, но в период таяния ледников его зеркало может сильно увеличиться.